Hola Juanma
Bienvenido a este mundillo apasionante de la meteorología joviana 😛
Para combinar las imágenes puedes utilizar Photoshop, aunque una herramienta más adecuada en mi opinión es Maxim DL, que permite, además de combinar la tricomía, aplicar una deconvolución posterior y algunas mejoras que hacen que la foto mejore ostensiblemente.
AutoStakkert! calcula el centro de gravedad de cada fotograma, por eso puedes apilar sin demasiado problema: todas las imágenes tienen un centro común. Maxim DL permite hacer ajustes finos y desplazar cada capa.
Si tardas mucho de una toma a otra, algo lógico si no dispones de rueda portafiltros, una opción aconsejable es usar WinJUPOS para hacer la derrotación de los tres canales. Ninguno de los dos programas es intuitivo, pero podemos quedar cualquier tarde y te explico el procedimiento.
Saludos,