Miguel Angel, si optas por la opción que te digo, conectar las dos baterías en serie, la de 12V y la de 6V, lo único que tienes que tener en cuenta para la de 6V es los A-h (amperios-hora), que es la capacidad de la batería.
Un ejemplo: si la batería es de 6 A-h, y la carga (lo que tu vas a conectar a ella) te consume 2 A, teóricamente vas a tener carga (autonomía) durante 3 horas. Te decía que si ya tienes la de 12V, fíjate de cuantos A-h es, y elige una de 6V de los mismo A-h que la de 12V (o similar), eso sí siempre que la autonomía sea suficiente para tus necesidades. Ojo, los voltios en serie suman, pero los A-h NO!. Por eso te digo que la de 6V sea de una capacidad igual o muy similar a la que ya tienes.
Esto es básicamente lo que tienes que tener en cuenta, marcas aparte en cuanto a que la batería sea de un fabricante fiable (que la batería te de los A-h que realmente dice tener).